Xử lý hóa đơn đầu vào liên quan đến doanh nghiệp có rủi ro cao về thuế là một vấn đề quan trọng trong kinh doanh. Việc xử lý sai có thể gây thiệt hại về thuế và ảnh hưởng đến hoạt động kinh doanh. Trong bài viết này, Phần mềm Việt Đà đã tham khảo và liệt kê ra một số cách xử lý hóa đơn đầu vào liên quan đến doanh nghiệp rủi ro về thuế.

Ngày 16/5/2023 Tổng cục thuế ban hành Công văn số 1798/TCT-TTKT về việc rà soát, xử lý hóa đơn không hợp pháp kèm theo danh sách 524 doanh nghiệp rủi ro về thuế. 

Theo đó, dựa trên các quy định tại Luật Quản lý thuế 2019, Thông tư 31/2021/TT-BTC, Thông tư 219/2013/TT-BTC, tham khảo hướng dẫn xử lý của Tổng cục Thuế tại Công văn 11797/BTC-TCT năm 2014 và các văn bản hướng dẫn liên quan, khi hóa đơn đầu vào từ các doanh nghiệp nằm trong danh sách 524 doanh nghiệp có rủi ro cao về thuế, hóa đơn thì xử lý như sau:

Hóa đơn phát sinh trước ngày doanh nghiệp bán hàng bỏ trốn

Cơ quan thuế phải kiểm tra xem xét, đối chiếu với hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp để xác định có hàng hóa thực tế mua hay mua bán hóa đơn khống để xử lý vi phạm và yêu cầu doanh nghiệp chứng minh và chịu trách nhiệm trước pháp luật việc mua bán là có thật: có hợp đồng mua bán, văn bản chứng từ thanh lý hợp đồng (nếu có), phiếu xuất kho, phiếu nhập kho, chứng từ thanh toán tiền; hàng hóa, dịch vụ mua vào của doanh nghiệp bỏ trốn được sử dụng để phục vụ hoạt động kinh doanh đã bán ra và đã kê khai thuế, có hạch toán kế toán đầy đủ, đúng quy định thì doanh nghiệp được khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) đầu vào theo hóa đơn mua hàng đó và tính vào chi phí khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN).

Hóa đơn phát sinh sau ngày doanh nghiệp bán hàng bỏ trốn

Doanh nghiệp không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào và không được tính vào chi phí khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN.

Doanh nghiệp chưa kê khai khấu trừ thuế GTGT

Cơ quan thuế thông báo bằng văn bản cho doanh nghiệp biết để tạm dừng kê khai khấu trừ thuế GTGT đối với các hóa đơn có dấu hiệu vi phạm pháp luật, chờ kết quả chính thức cơ quan có thẩm quyền. Doanh nghiệp chỉ được thực hiện kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với các hóa đơn không có dấu hiệu vi phạm pháp luật.

Doanh nghiệp đã kê khai khấu trừ thuế GTGT

Cơ quan thuế thông báo bằng văn bản cho doanh nghiệp biết để kê khai điều chỉnh giảm số thuế GTGT đã khấu trừ.

Nếu doanh nghiệp khẳng định hóa đơn GTGT đầu vào đúng quy định

Trường hợp doanh nghiệp khẳng định việc mua bán hàng hóa và hóa đơn GTGT đầu vào sử dụng kê khai khấu trừ là đúng quy định thì doanh nghiệp phải cam kết chịu trách nhiệm trước pháp luật, đồng thời cơ quan thuế phải thực hiện thanh tra, kiểm tra tại doanh nghiệp để kết luận và xử lý vi phạm theo quy định.

Nếu doanh nghiệp chứng minh được việc mua bán là có thật

Trường hợp hóa đơn của doanh nghiệp có rủi ro cao về thuế mà chứng minh được việc mua bán có thật, đúng quy định thì doanh nghiệp được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào theo hóa đơn mua hàng đó và tính vào chi phí khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp.

Nếu doanh nghiệp không chứng minh được việc mua bán là có thật

Trường hợp doanh nghiệp có hóa đơn của doanh nghiệp rủi ro cao về thuế, hóa đơn phát hành nhưng không chứng minh được việc mua bán là có thật thì phải kê khai điều chỉnh giảm số thuế GTGT đã khấu trừ và không được tính vào chi phí được trừ khi xác định thuế thu nhập doanh nghiệp. Ngoài ra tùy vào dấu hiệu vi phạm, cơ quan thuế sẽ xem xét và đưa ra kết luận xem đây có phải hành vi mua bán khống hóa đơn hay không và có quyết định xử phạt tương ứng.

Để bảo vệ doanh nghiệp trước các rủi ro, cần xem xét kỹ tình trạng hoạt động của doanh nghiệp xuất hóa đơn và lưu trữ đầy đủ chứng từ. Điều này giúp chứng minh tính xác thực của hoạt động mua bán và tránh thiệt hại về thuế khi cơ quan thuế yêu cầu giải trình.